Voči jednostrannému posudku Historického ústavu SAV a Vojenského historického ústavu sa na druhej strane postavil riaditeľ Slovenského historického ústavu Matice slovenskej, Dr. Ján Bobák. Aj on zaslal v tom čase primátorovi Vítekovi list. Písal v ňom, že Ján Šmigovský ako profesionálny vojak zostal verný svojej prísahe a odmietol sa pridať na stranu povstalcov, pretože nesúhlasil so zánikom samostatnej prvej Slovenskej republiky, s prokomunistickým „ľudovodemokratickým“ režimom, reprezentovaným povstaleckou SNR, a nesúhlasil ani so začlenením Slovenska ako nesuverénnej súčasti ČSR do záujmovej sféry ZSSR. Paradoxom je, že Dr. Ján Bobák bol členom komunistickej strany a temer tri roky (1985-1988) pôsobil na Ústave marxizmu-leninizmu Ústredného výboru Komunistickej strany Slovenska v Bratislave.