Šmigovský bol zadržaný 25. mája 1945 o 8:45 hod. v Bratislave. Odvtedy až do smrti bol držaný vo väzbe. Obžaloba bola podaná 3. septembra na Národný súd (NS); samotné pojednávanie sa začalo 21. septembra a skončilo sa 25. septembra vynesením odsudzujúceho rozsudku. Ten bol vykonaný 9. októbra v Bratislave.
Priebeh súdu možno označiť za frašku. Šmigovského advokát (ktorý mu bol pridelený Národným súdom, a teda nevybral si ho Šmigovský) Dr. Arnošt Marcis, ktorý by teoreticky mal byť na strane obžalovaného, uviedol v najdôležitejšom prejave obhajoby hneď v úvode, že je „len obhajcom ex offo“ (z pridelenej povinnosti) a obhajobu obžalovaného vykonáva „na základe stavovských povinností“ (Reč obhajcu Dr. Arnošta Marcisa z 21. septembra 1945, str. 1: prepis z hlavného pojednávania – A853/234).
Národný súd súdil Šmigovského za činy, ktoré nielenže v čase, kedy boli vykonané, neboli trestné, ale často vyplývali z platných právnych predpisov. Uplatnil sa teda princíp retroaktivity: spätného pôsobenia právnych noriem do minulosti, čo je, samozrejme, v právnom štáte absolútne neprípustné – v takomto prípade je človek súdený za niečo, za čo nemôže: nemôže tušiť, aké zákony budú prijaté v budúcnosti. O to viac, ak retroaktívne normy odporujú normám platným v minulosti: nech by človek robil čokoľvek, jeho konanie by bolo postihnuteľné (buď podľa starej alebo novej právnej úpravy). Napríklad počas 1. SR sa vôbec takýmto spôsobom neuplatňovala retribúcia proti čechoslovakistom.
Pre objektivitu je ale nutné doplniť, že samotná retroaktivita by mohla v takých pohnutých časoch ako po skončení svetovej vojny byť prípustná, ak by sa mohla oprieť o zásady prirodzeného práva, teda všeobecne uznávaných morálnych noriem. Ich základným kritériom je čestne žiť a nikomu neškodiť. Trest smrti pre osobne čestného, slušného a bezúhonného človeka, otca dvoch maloletých detí len za to, že v súlade s platnými právnymi normami chránil obyvateľstvo svojho mesta, zachránil ho pred partizánskym besnením, nemeckou okupáciou ako aj následnými represiami, nemožno v žiadnom prípade označiť za spravodlivý. Rozsudky NS teda neboli ani primerané a mali skôr charakter surovej politickej odplaty.
Celkovo, nielen v Šmigovského prípade, sa na činnosti Národného súdu prejavili výsledky druhej svetovej vojny a z toho plynúcich mocenských pomerov, kde postupne prevahu získavali komunisti.
Nie je nutné poukazovať na jednotlivé porušenia zákona či procesnej spravodlivosti, keďže samotné paragrafy, na základe ktorých NS svoju činnosť vykonával, boli proti princípom práva, napr. spomínaná retroaktivita a mali zjavné ideologické podfarbenie.
Šmigovského pozícia pred súdom bola iná ako v prípade politických predstaviteľov režimu SR. Napr. prezident Tiso ako katolícky duchovný bol slobodný a bezdetný a po páde jeho režimu, ktorého stelesnením bol, nemal už prakticky pre čo žiť. Preto využil ešte svoj súd na to, aby poukázal na opodstatnenosť svojich činov a zvrhlosť boľševizmu a čechoslovakizmu. Šmigovský mal však mladú manželku a dvoch synov (Vladimír a Milan). Bol si vedomý toho, že zvolenie postupu, aký neskôr použil Tiso, by bolo istou samovraždou. Keby stál za svojimi činmi, určite by bol odsúdený na trest smrti či dlhoročné väzenie a nemohol by sa venovať svojej rodine. Tieto skutočnosti mal určite na mysli, keď sa dal v máji naverbovať do pofidérneho „pražského povstania“. Na súde potom neustále zdôrazňoval, že „sa aktívne zúčastnil československého boja o Prahu“.
Taktiež je dosť pravdepodobné, že minimálne časť Šmigovského výpovedí bola urobená pod nátlakom a dokonca sám Šmigovský túto skutočnosť hlásil vyšetrujúcemu komisárovi (Zápisnica o hlavnom pojednávaní v trestnej veci proti J. Šmigovskému z 21. septembra 1945, str. 18 – 19 – A853/126-27), preto aj spisy nemusia byť úplne hodnoverné.
Šmigovský teda hlavnú časť svojej obhajoby postavil na tom, že v podstate bol za povstanie, nemal však veľmi na výber a v rámci svojej pozície robil proti nemu čo najmenej. Ako podporné tvrdenia uvádzal, že bol iba vojak, do politiky sa nestaral (čo bolo nepochybne pravdou). Konal vždy ako dobrý Slovák (toto stále zdôrazňoval) a ako pre vojaka pre neho bola jeho prísaha záväzná. Na otázku, prečo pre neho nebola už záväzná vojenská prísaha učinená za ČSR, odpovedal, že ČSR prestala existovať, nebolo teda komu držať prísahu.
V rámci svojej obhajoby aj pomocou tejto skutočnosti uviedol nasledovnú konzistentnú ideu: zložil prísahu vernosti Slovenskému štátu (toto svoje počínanie nikdy neodsúdil, vždy sa k nemu plne hlásil: „U mňa bolo samozrejmou vecou, že som prisahal; pre mňa to nebolo ťažké ako pre iných dôstojníkov.“ (Zápisnica o hlavnom pojednávaní v trestnej veci proti J. Šmigovskému z 21. septembra 1945, str. 4 – A853/119)); keďže ČSR v tomto čase už neexistovala, nebolo komu držať vernosť. Na druhej strane ale, keď zanikla Slovenská republika, platnosť aj tejto vojenskej prísahy zanikla, a tak sa Šmigovský zúčastnil pražského povstania na strane ČSR.
Nie napodiv, súd neprijal túto Šmigovského interpretáciu jeho počínania. Šmigovský bol 25. septembra 1945 odsúdený na trest smrti a konfiškáciu štvrtiny majetku v prospech štátu. Žiadosti o milosť nebolo vyhovené.
Rozsudok bol vykonaný 9. októbra 1945 zastrelením. Posledné slová Jána Šmigovského boli: „Rád by som bol pochovaný, ak je to možné, vedľa môjho otca.“ (Zápisnica o výkone trestu smrti odsúdeného J. Šmigovského z 9. októbra 1945, str. 2 – A854/285) Lekár prítomný na poprave jednoznačne konštatoval smrť o 6. hodine a 17. minúte.