Ján Šmigovský sa narodil 2. mája 1903 v Brownsville, USA. Jeho otec Jozef Šmigovský bol baníkom; jeho matka Mária Šmigovská, rodená Bačová. Mal bratov Júlia a Jozefa. Šmigovský pochádzal z čisto slovenskej rodiny; v domácnosti jeho aj domácnosti jeho rodičov sa hovorilo vždy len po slovensky. V druhom roku života sa rodina Šmigovských vrátila do Spišského Podhradia, kde Jánov otec pracoval ako maloroľník.

Šesť tried ľudovej školy vychodil Ján Šmigovský v Spišskom Podhradí v jazyku maďarskom. Potom pokračoval vo vzdelávaní na gymnáziu v Levoči, kde skončil 4 triedy v jazyku maďarskom (v čase maďarizácie ani neexistovala iná možnosť). Štvrtú triedu ukončil už pri vzniku Československej republiky. Pretože však jeho rodičia nemali dostatok financií, aby pokračoval v štúdiách v Levoči, odišiel Šmigovský domov do Spišského Podhradia, kde navštevoval učiteľský ústav. Ukončil ho v roku 1923 maturitou. Potom sa jeden rok pripravoval na vysokoškolské štúdium, hlavne v jazyku latinskom. V roku 1924 začal navštevovať vojenskú akadémiu v Hraniciach na Morave.