Riaditeľ onoho ústavu, Dr. Valerián Bystrický, odpovedal primátorovi 4. novembra 2004 posudkom (č. j.: 715/2004-3), v ktorom, okrem iného, píše: „Podľa nášho názoru osadenie jeho tabule v Nitre nevychádza z historických faktov, ale z politických tendencií tých síl, ktoré sa snažia – v rozpore s historickými faktami a celoeurópskym vývojom po druhej svetovej vojne – rehabilitovať satelitný slovenský štát z rokov 1939-1945, jeho režim, resp. jeho politických, vojenských či iných reprezentantov. Zneužívajú pritom aj tragické osudy niektorých týchto reprezentantov – ako to bolo aj v prípade J. Šmigovského. Podľa nášho názoru osadenie tabule s príslušným textom je historicky nesprávne a politicky kontraproduktívne. 29. august je štátnym sviatkom súčasnej Slovenskej republiky, teda jeden z jej oficiálnych štátnych symbolov. Je preto paradoxné, že sa odhaľuje pamätná tabuľa človeku, ktorý sa postavil proti SNP.“

 Čo je zarážajúce na tomto posudku akademického pracovníka na čele vedeckého ústavu, ktorý by sa mal zaoberať skúmaním historickej pravdy, je konštatovanie o „politickej kontraproduktivite“, kedy objektívne posúdenie konkrétneho historického prípadu viažuce sa dokonca s osobnou tragédiou rodiny Šmigovských, ustupuje požiadavkám súčasného politického režimu na Slovensku... Túto politizujúcu tendenciu posudku akademickej inštitúcie podčiarkuje Dr. Bystrický záverečnými slovami, keď píše: „Ak si chce niekto túto osobnosť uctiť, mal by to robiť viac súkromne a nie na verejnosti a v mene mesta,“ čím akoby naznačoval, že jestvujú objektívne zásluhy Šmigovského (napr. aj pri budovaní 1. pešieho pluku Domobrany, obnovenej Slovenskej armády ako jedného z atribútov štátnej suverenity), avšak za súčasného politického režimu nie je súce si ich verejne pripomínať.

Ak sa však Dr. Bystrický i Ing. Hudec zhodovali v tom, že v prípade Šmigovského popravy ide o „osobnú tragédiu“, s ktorou nemôžu súhlasiť, nebolo by práve s týmto stanoviskom konzistentné i morálnu satisfakciu ponúkajúce verejné ocenenie objektívnych zásluh tohto dôstojníka Slovenskej armády napríklad práve pamätnou tabuľou na frekventovanom mieste?  

Istým však je, že posudok Historického ústavu SAV neposkytol primátorovi mesta Nitra ani poslancom jej zastupiteľstva ucelenejší obraz o pôsobení a kontroverziách J. Šmigovského a miesto toho ponúkal iba „konečné riešenia“, a dokonca „v mene demokracie“ predbiehal i „vôľu ľudu“, keď nabádal pamätnú tabuľu zvesiť z budovy býv. kasární a umiestniť ju do „depozitára nejakého múzea alebo archívu“.

Potom, ako sa Dr. Bystrický vyhol v posudku vyratúvaniu historických skutočností, hodil tento horúci zemiak zo svojich rúk na inú inštitúciu, keď primátorovi napísal: „K uvedeným problémom, hlavne aktivitám pplk. Jána Šmigovského ako vojaka by mohli poskytnúť zasvätené informácie pracovníci Vojenského historického ústavu...“.