1. septembra sa so Šmigovským telefonicky spojil major Emil Kolener z MNO a oznámil mu, že nemecké jednotky so súhlasom ministerstva odzbrojujú slovenské posádky a teraz sú na ceste k Nitre. Kolener radil Šmigovskému, aby sa k postupujúcim Nemcom správal slušne. Šmigovský sa na to rozčúlil a rozhodne vyhlásil, že on sa odzbrojiť Nemcami nedá. Následne prikázal svojim dôstojníkom, aby zaujali bojové palebné postavenie, obsadili obloky a východy.

Neskoršie to popoludnie do Šmigovského kancelárie vbehol istý vojak so slovami: „Nemci sú už pred kasárňami a aj stráž odzbrojili.“ Šmigovský vstal, vytiahol z puzdra pištoľ a s rukou namierenou k paľbe kráčal k vrátam. Tam sa stretol s nemeckým štábom a dohovoril sa s istým nemeckým dôstojníkom – podplukovníkom Klotzom. Išlo o pancierovú jednotku SS. Po vzájomnom predstavení mu tento oznámil, že má od svojho generála prikázané a MNO odobrené odzbrojovať všetky slovenské posádky.

Šmigovský protestoval, že jeho nemá čo odzbrojovať, pretože sa k povstaniu nepridal a neporušil ani žiadny rozkaz MNO. Vyžiadal si niekoľko minút na to, aby sa spojil s MNO, ktoré mu nemecký dôstojník poskytol. Šmigovský zatelefonoval do Bratislavy a skontaktoval sa s tajomníkom prezidenta Dr. Karolom Murínom. Počínanie Nemcov označil za drzosť a Murínovi rozhodne oznámil „ak MNO nezjedná nápravu, bude z toho krviprelievanie, lebo ani jednu pušku im nevydám“. Murín povedal Šmigovskému, nech počká a po chvíli hlásil, že Nitra odzbrojená nebude a vyžiadal si k telefónu nemeckého dôstojníka, že mu to oznámi priamo z Bratislavy a tiež jeho nadriadený nemecký veliteľ. Tak sa aj stalo, nitrianska posádka odzbrojená nebola a aj stráži boli vrátené zbrane.

Šmigovský následne podal hlásenie veliteľovi SS Kozlovskému a počas poldruhahodinového rozhovoru ho informoval o aktuálnej situácii, o teréne a sile povstaleckých vojsk, aj vďaka čomu Nemci v priebehu nasledujúcich 5 dní dobyli rozsiahle územie až po Prievidzu.

Vo svojich ďalších prejavoch pred verejnosťou Šmigovský okrem iného povedal, že generál Höffle (známy ako „likvidátor“ povstania) nie je „krvavý pes“, ako sa to hovorí o nemeckých generáloch, ale je to jeden „jemný a ušľachtilý pán, z ktorého sála porozumenie pre Slovákov“. Vyhlasoval, že povstalci sa zmocnia Nitry jedine cez jeho mŕtvolu, uisťoval obyvateľstvo, že povstanie bude do dvoch mesiacov zlikvidované (čo sa aj skutočne stalo), že gardista v uniforme sa ešte túto zimu bude môcť lyžovať na Minčole i Šturci a žiadny partizán ani povstalec ho nezastrelí. Černeka označil za zradcu a povstalcov a partizánov za „lúzu“ a „banditov“.

Šmigovského počínanie našlo veľké uznanie v dobovej tlači. Noviny naplnili správy o „staroslávnej Nitre“, ktorá sa v súčasnom stave „zaskvela tak ako kedysi pred tisícročím za vládnutia prvých vodcov našej štátnosti“ (Nitra nesklamala ani teraz. Slovák, 6. september 1944.). Aj najvyšší politickí činitelia ocenili vernosť Nitry. Telefonicky sa so Šmigovským skontaktoval minister vnútra Alexander Mach.

5. septembra Šmigovský navštívil Bratislavu, kde sa stretol s ministrom národnej obrany Štefanom Haššíkom, tajomníkom prezidenta Dr. Karolom Murínom a prezidentom Dr. Jozefom Tisom. Tiso Šmigovskému povedal, že nemecké vojská prišli na Slovensko likvidovať nerozmyslené výčiny horkokrvných dôstojníkov a že vec už beztak čoskoro zlikvidujú. Prezident odoslal do Nitry svoje srdečné pozdravy: „Objímam celú Nitru a vrele pozdravujem svojich nitrianskych hrdinov“ (Veliteľ nitrianskej posádky u Vodcu a prezidenta republiky. Slovenská pravda, 8. september 1944.). 13. septembra bol Šmigovský vládou povýšený na podplukovníka (Major Šmigovský podplukovníkom. Slovenská pravda, 17. september 1944.).

Samozrejme, aj Nemci ocenili Šmigovského počínanie. Generál zbraní SS gróf Pückler, nadšený správaním nitrianskej posádky, 2. septembra pred nemeckými dôstojníkmi a dôstojníckym zborom nitrianskej posádky zveril posádkovému veliteľovi Nitry Šmigovskému velenie nad všetkými vojenskými jednotkami na území mesta Nitry, ako nemeckými, tak aj slovenskými, čo bolo nezvyčajné.

Nasledujúci večer sa v jednej nitrianskej reštaurácii uskutočnil zoznamovací večierok usporiadaný Slovensko-nemeckou spoločnosťou, kde SS-Hauptsturmführer George Jentsch vystúpil s veľmi proslovenským prejavom. Rečník niekoľkokrát zopakoval, že nemecké oddiely neprišli Slovensko obsadiť alebo siahnuť na jeho politickú a náboženskú slobodu. Ďalej zhodnotil historický význam Nitry pre Slovákov a veľmi pochvalne sa vyjadril o disciplinovanosti slovenských vojakov. Svoj prejav zakončil slovami, že „to, čo videl na Slovensku, vzbudilo v ňom mocnú vieru v život zdravého slovenského národa a v skoré zlikvidovanie chaotických pomerov v obsadených krajoch“ (Verná Nitra. Slovenská pravda, 7. september 1944.).