V polovici roku 1944 bolo už jasné, že Nemecko bude porazené. Slovensko bolo od hrôz vojny doteraz prakticky ušetrené. Existovala reálna šanca, že to tak aj ostane. Isté skupiny však v tomto citlivom čase začali vyvolávať na Slovensku nepokoje.

Išlo o partizánov, jednak sovietskych boľševikov, ktorých sem od leta 1944 zhadzovalo ruské letectvo, jednak ich slovenských komplicov, prípadne partizánov iných národností. Títo všetci začali páchať rôzne sabotáže, prepady, vraždy a iné činy, ktoré nutne museli vyvolať reakciu Nemcov.

Všetko sa prevalilo koncom leta 1944. Už 12. augusta bolo v postihnutých oblastiach vyhlásené stanné právo, násilnosti však neutíchali. V posledných augustových dňoch sa Nemci ponúkli, že vojenským zákrokom potlačia partizánske nepokoje. Prezident Tiso najprv dvakrát odmietol, no keď videl, že situáciu nie je možné upokojiť ináč, súhlasil s nemeckou intervenciou.

Osudné udalosti z augusta 1944 zastihli Jána Šmigovského v neľahkej pozícii veliteľa nitrianskej posádky. O prípravách povstania nemal Šmigovský presné informácie. Vedel, že sa niečo chystá, ale nič bližšie o podobe týchto plánov, keďže dôstojníci plánujúci povstanie si ho medzi seba nepúšťali: „Neviem, prečo nemali ku mne dôveru. (...) Hádam preto, že som nekompromisný Slovák, ...že som sa nevedel líškať, päty lízať, neviem.“ (Zápisnica o hlavnom pojednávaní v trestnej veci proti J. Šmigovskému z 21. septembra 1945, str. 12 – A853/123)

Tak sa stalo, že Šmigovský bol relatívne prekvapený, keď mu práve 29. augusta 1944 popoludní „neznámy poručík s pionierskymi výložkami“ z Banskej Bystrice doručil rozkaz z veliteľstva pozemných vojsk v Banskej Bystrici, podpísaný náčelníkom štábu Jánom Golianom (len pár dní predtým ešte Golian vydal protipartizánsky rozkaz). Tento rozkaz, ktorý si nárokoval platnosť pre „všetky posádky na Slovensku“ ich vyzýval, aby sa pridali k povstaniu. Šmigovský ho však neuposlúchol a ostal verný bratislavskej vláde a tým i jej spojencom – Nemcom.

V ten istý deň neskôr popoludní prišli do Nitry štyria dôstojníci z trnavskej posádky, ktorí tvrdili, že pri Trnave mali prestrelku s Nemcami. Šmigovskému sa už toto videlo podozrivé: „Mne sa zdalo byť priamo nemožné, aby Nemci útočili na Slovensko, keď sme predtým 6 rokov spolu nažívali ako spojenci,“ povedal neskôr (Zápisnica z vypočúvania J. Šmigovského z 18. júna 1945, str. 7 – A853/9). Trnavskí vojaci chceli, aby Šmigovský zaujal stanovisko k povstaniu, a keď videli jeho rozhodný, zamietavý postoj, zanechali presvedčovania, aby sa aj Nitra pripojila k povstaniu.

(V skutočnosti bola Trnava obsadená bez boja a nikde v jej okolí nedošlo k vážnejším bojom. Tá časť trnavskej posádky, ktorá sa rozhodla pripojiť sa k povstaniu, opustila mesto vlastne v tom istom čase, ako už z druhej strany do neho vchádzali nemecké jednotky. Podľa niektorých svedectiev dokonca povstalcov utekajúcich z Trnavy sprevádzalo nemecké prieskumné lietadlo, na ktoré niektorí vojaci, zrejme z hnevu, začali strieľať.)

To isté popoludnie za Šmigovským prišiel aj spravodajský dôstojník nadporučík Ján Dubovský, ktorý tvrdil, že Maďari v šiestich smeroch prekročili slovenské hranice medzi Nitrou a Sencom a vtrhli na Slovensko. Keď sa Šmigovský opýtal na zdroj tejto informácie, Dubovský odpovedal, že to má od „finančnej stráže z pohraničia“. (Tvrdenie, že Maďari napadli Slovensko bolo v prvých dňoch povstania používané na získavanie prívržencov povstania.) Šmigovský však nekonal unáhlene a dodržal ustanovenia platného služobného poriadku: zavolal na MNO, kde mu priamo minister Čatloš zdelil, aby len ostal na mieste. Neskôr mu generál Augustín Malár povedal, že ide o výmysel niektorých dôstojníkov a že to čoskoro celé bude likvidované, lebo nemecké vojská sú už na ceste.

Keď sa stal ministrom národnej obrany Štefan Haššík (5. septembra), aj tomuto to Šmigovský hlásil. Haššík odpovedal, že ide o nezmysel a nariadil Dubovského zavrieť a postaviť pred vojenský súd pre šírenie nepravdivých správ. Toto Šmigovský spravil a na jeho vlastnom procese na Národnom súde mu bolo dávané za vinu, že „pre kladný postoj k národnému povstaniu dal zaistiť npor. Dubovského“ (Obžaloba na J. Šmigovského z 3. septembra 1945, str. 4 – A853/127), hoci ten v skutočnosti šíril nepravdivé poplašné správy.

Večer 29. augusta k Šmigovskému prišiel aj podplukovník Ján Černek (jeden z vyšších dôsotojníkov nitrianskej posádky a spojka povstalcov v Nitre), ktorý ho požiadal, aby mu odovzdal velenie. Šmigovský to odmietol a rovnako odmietol aj jeho návrh zvolať dôstojnícke zhromaždenie. Napriek Černekovmu evidentnému prechodu k povstalcom ho Šmigovský dal zaistiť až o niekoľko dní neskôr (1. septembra) na pokyn ministra národnej obrany Čatloša (Černekovi sa však podarilo ujsť už v ten deň a ďalej sa zúčastnil povstania).

Rozsudok Národného súdu Šmigovskému vyčítal, že po 29. auguste ešte zostril pohotovostné opatrenia proti partizánom: rozostavil ozbrojené hliadky, postavil na cestách španielskych jazdcov, aby zabránil útoku partizánov na Nitru, poslal hliadku na Zobor, keď tam utiekla jedna čata, ktorá sa pridala k povstaniu. Na ceste do Zlatých Moraviec dal postaviť barikády z vozov naplnených štrkom, aby bránil obyvateľstvo pred prípadným útokom povstalcov. Rozsudok ďalej uvádza: „[O]patrenia, ktoré obžalovaný urobil, boli po vojenskej stránke dostatočne účinné (…) na zabránenie vstupu povstalcov, prípadne vedúcich činiteľov povstania alebo partizánov do Nitry...“ (Rozsudok nad Jánom Šmigovským z 25. septembra 1945, str. 22 – A854/206)

Šmigovský v súlade s predošlými pokynmi MNO teda sprísnil bezpečnostné opatrenia v Nitre. Adresoval obyvateľstvu mesta, ako aj celému obyvateľstvu Slovenska niekoľko prejavov, v ktorých rozhodne odsúdil činnosť partizánov i rodiace sa povstanie. Dal na rôznych miestach v Nitre vyvesiť štátne zástavy ako symbol dôvery slovenským vojakom. Niektorí obyvatelia aj spontánne do okien umiestnili gardistické vlajky.

Okrem iného sa Šmigovský otvorene vyjadril, že nikdy nebol germanofilsky založený, že jeho manželka je Češka a vždy mal dobrý vzťah aj s československy orientovanými kolegami. Pochopil však, že povstaním, ktoré práve vypuklo, sa nesleduje iba cieľ obnovenia ČSR, ale hlavne zboľševizovanie celého stredoeurópskeho priestoru. Keďže sa rozhodol konať ako „uvedomelý Slovák a absolútny odporca boľševizmu“, podieľal sa na organizácii armády Slovenskej republiky. Obyvateľstvo upokojoval, že Nemci im nič nespravia a že on sám sa postaví proti nim, ak by sa ich snažili odzbrojiť.