Keďže 2. septembra predseda vlády Dr. Vojtech Tuka zo zdravotných dôvodov abdikoval, 5. septembra bola vymenovaná nová slovenská vláda. Pomaly sa začala vzmáhať a reorganizovať aj slovenská armáda. Bola premenovaná na Domobranu.

Na Šmigovského návšteve Bratislavy 5. septembra ho minister Haššík ustanovil veliteľom 1. pešieho pluku Domobrany. Domobrana vykonávala predovšetkým ochranu už Nemcami oslobodených území (opevňovacie práce, strážna služba) a prevádzala výcvik vojakov a dôstojníkov. Do priamych bojov zasiahla minimálne. Práve nitrianska posádka s jej cca 2 000 mužmi sa stala základom Domobrany. V čase najväčšieho rozmachu mala Domobrana vyše 40 000 členov.

Šmigovský svoju veliteľskú funkciu zastával až do 3. apríla 1945, kedy sa jej v Holíči vzdal svojej u ministra Haššíka. Dva dni na to odišiel do Prahy, kde bola evuakuovaná jeho rodina. V tom čase bol jeden jeho syn 2 roky chorý na obličky a manželka tiež vážne chorá. V Česku Šmigovský ostal až do konca vojny. Keď 5. mája vypuklo tzv. „pražské povstanie“, zúčastnil sa ho na strane protinacistickej (čo malo neskorší význam pre jeho obhajobu pred súdom).

Dňa 17. mája 1945 sa Šmigovský rozhodol, že sa prihlási vojenským úradom na Slovensku a vydal sa na cestu domov. Na Slovensko dorazil po 6 dňoch a zastavil sa v Trnave. Tu bol 24. mája v spoločnosti jeho známeho zo Žiliny, istého pána Kováča, na ulici zadržaný a eskortovaný do Bratislavy.

Hoci Šmigovský mal veľa možností ujsť ďalej na západ, azda až za Atlantik, predsa sa rozhodol vydať do rúk „spravodlivosti“. Snáď márne veril, že sa mu podarí očistiť svoje meno a s prihliadnutím sa všetky skutočnosti mu súd dá len malý trest, ak vôbec nejaký a on sa bude môcť venovať svojej rodine. Prerátal sa však a to sa mu stalo osudným.