Netaktnosť svojho kolegu si očividne uvedomoval aj doc. Jozef Bystrický, riaditeľ Vojenského historického ústavu, ktorý potom, ako sa na neho bol primátor Vítek obrátil na odporučenie Dr. Bystrického z HÚ SAV, v úvode svojho posudku (č. p.: VHÚ-1017/2004) zo 16. decembra 2004 uviedol: „Rozporuplné hodnotenie jeho osoby [J. Šmigovského] si aj my uvedomujeme, napriek tomu nás udivuje, že Historický ústav Slovenskej akadémie vied, ktorý je renomovanou inštitúciou a je garantom rozvoja historickej vedy na Slovensku, nezaujal stanovisko k tomuto prípadu, hoci jeho pracovníci disponujú všetkými relevantnými informáciami, ktoré k takémuto stanovisku potrebujú.“

Posudok Vojenského historického ústavu bol na rozdiel od posudku Historického ústavu Slovenskej akadémie vied omnoho konkrétnejší v opise Šmigovského armádneho profilu, ale vzhľadom na kontroverzie viažuce sa so Šmigovským, však aj tento posudok stále iba kĺzal po povrchu problematiky, a čo je najprekvapivejšie, vzhľadom na akademický charakter inštitúcie, ktorá ho vypracovala, neniesol známky odbornosti spracovania.

Doc. Bystrický v posudku napr. uvádza: „[Šmigovský] Po 29. 8. 1944 odmietol rozkaz pplk. gšt. Jána Goliana pridať sa k SNP.“ Toto tvrdenie tvorí gro obžaloby Šmigovského pred tzv. Národným súdom a stálo by za rozsiahlejšiu vojensko-právnu politicky nezaťaženú analýzu, ktorej sa hádam raz dočkáme. Na tomto mieste len uveďme, že v krátkej časovej následnosti dvoch-troch dní dostal Šmigovský od Goliana dva protichodné rozkazy, ten skorší znel zakročovať proti partizánom, neskorší bol o pripojení sa k povstaniu. Šmigovský preto telefonoval na Ministerstvo národnej obrany, kde mu minister Čatloš a následne i prezident Tiso potvrdili, aby sa k povstaniu nepridával.

29. augusta 1944 o 19:00 hod. vystúpil gen. Čatloš, minister národnej obrany a do 25. augusta i Hlavný vojenský veliteľ Slovenskej armády v rozhlase, do éteru ktorého prečítal: „Známe je vám všetkým, že nepriateľ v hanebnej forme partizánov prepadol našu drahú slobodnú vlasť, prepadáva naše dediny, rabuje naše majetky, zákerne vraždí našich ľudí... (...) Partizáni sú najväčší nepriatelia slobodného a pokojného Slovenska. Kto by s nimi držal, je zradcom svojho rodu i svojej otčiny, ničí všetko, čo je spojené so slovenskou slobodou.“

Podobne, 30. augusta 1944 vystúpil v rozhlase prezident Tiso, ktorému podľa písm. i) ods. 1 § 38 Ústavy Slovenského štátu z 21. júla 1939 prislúchala funkcia najvyššieho veliteľa armády s nasledovnými slovami: „Pre vojsko sú jedine smerodajné tie rozkazy, ktoré vydáva Hlavné veliteľstvo vojska z Bratislavy; žiadne iné veliteľstvo v zázemí slovenskom nemá práva vydávať ďalšie rozkazy mimo rozkazov Hlavného vojenského veliteľstva v Bratislave. Podľa písm. i) ods. 1 § 38 Ústavy Slovenského štátu z 21. júla 1939 prislúchala funkcia najvyššieho veliteľa armády prezidentovi republiky.“

Takéto teda bolo verejne známe stanovisko dvoch najvýznamnejších a najvyššie postavených osôb z radov velenia Slovenskej armády a rezortu obrany voči povstaniu, ktoré boli Šmigovskému, po 25. auguste najmä v osobe prezidenta Tisu, služobne nadriadené...

V posudku Vojenského historického ústavu je však Šmigovského neuposlúchnutie rozkazu povstaleckého pplk. gšt. Goliana „pridať sa k povstaniu“ odbité jednou vetou jednoznačne v neprospech veliteľa nitrianskej posádky.

Aký mal byť Šmigovského vojenský postup pri protichodných rozkazoch chodiacich z veliteľstva pozemných síl v Banskej Bystrici? Postupoval Šmigovský vojensky správne v súlade so služobnými predpismi, keď kontaktoval v nejasnej situácii Ministerstvo národnej obrany a v rozhodujúcej chvíli si vyžiadal i stanovisko prezidenta, najvyššieho armádneho veliteľa? Odpovede na tieto otázky Vojenský historický ústav neposkytol.

Omnoho rozporuplnejšími na posudku Vojenského historického ústavu sú však protirečenia doc. Bystrického, keď na jednom mieste uvádza, že: „Večer 1. septembra po príchode nemeckého Einsatzkommanda 13 uvítal [Šmigovský] príchod nemeckých okupantov. Na základe jeho postoja Nemci neodzbrojili nitriansku posádku...,“ zatiaľ čo na inom mieste si doc. Bystrický protirečí slovami: „1.-2. 9. 1944 mesto vydal [Šmigovský] okupačným jednotkám bojovej skupiny SS Schill. Po intervencii prezidenta Slovenskej republiky Jozefa Tisu Nemci upustili od odzbrojenia slovenských jednotiek v posádke.“ Pravda je však taká, že zatiaľ čo 1. septembra Nitrou Einsatzkommando 13 len prechádzalo, nasledujúci deň bojová skupina SS Schill Nitru obkľúčila a Nemci neodzbrojili nitriansku posádku až po dráme, na ktorú si spomínali mnohí jej pamätníci, medzi nimi i bývalý poslanec Mesta Nitra, Ing. arch. Libant, za ktorého éry bola pamätná tabuľa venovaná Šmigovskému osadená.

Hlavného hrdinu v nej hral práve pplk. Šmigovský, ktorý potom, ako sa odmietol pripojiť k povstaniu, nevydal zbrane ani Nemcom a nitrianska posádka pod jeho velením bola pripravená Nitru brániť aj obliehajúcimi nemeckými jednotkami. Práve vďaka Šmigovského postupu, kedy kontaktoval v tiesnivej situácii Ministerstvo národnej obrany, dostal veliteľ bojovej skupiny SS Schill telefonický rozkaz od svojho nadriadeného Nitru neodzbrojiť. Generál zbraní SS gróf Pückler, až na základe týchto prejavených vojenských kvalít a ľudskej odvahy pplk. Šmigovského, 2. septembra pred nemeckými dôstojníkmi a dôstojníckym zborom nitrianskej posádky – tak ako sa to uvádza i v súdnom spise – dokonca zveril posádkovému veliteľovi Nitry, Šmigovskému, velenie nad všetkými vojenskými jednotkami na území mesta Nitry, ako nemeckými, tak aj slovenskými, čo bolo nezvyčajné.

Napriek tejto historickej skutočnosti, svoj nepravdivý argument o „vydaní mesta okupačným jednotkám“ dokonca uvádza doc. Bystrický ako jeden z dvoch kritických dôvodov, pre ktoré sa Vojenský historický ústav prikláňa „k stanoviskám odporúčajúcim odstránenie tabule...,“ keď vo svojom posudku zdôrazňuje, že: „... mjr. (neskôr pplk.) J. Šmigovský svojím konaním a nepridaním sa na stranu Povstania vôbec nebránil štátnu nezávislosť a suverenitu Slovenskej republiky, pretože mesto vydal nemeckým okupačným vojskám, ktoré svojou prítomnosťou a činnosťou okliešťovali už aj tak obmedzenú štátnu suverenitu Slovenskej republiky.“

Nepredchádzal vari Šmigovský svojím vojenským postupom krviprelievaniu? Neuchránil vari Nitru pred stratami na majetku a životoch civilistov? Neudržal svoju posádku disciplinovanou, keď horúce hlavy vojakov po odohranej dráme schladil demonštratívnym uzavretím čestného mieru medzi nemeckými a slovenskými jednotkami na posádke? Ani na tieto otázky Vojenský historickú ústav neponúkol svoju odpoveď.